Die Geschäftsstelle der Zuse-Gemeinschaft hat ihren Sitz in Berlin-Mitte. Als erste Anlaufstelle steht sie den Mitgliedern der Zuse-Gemeinschaft und Interessierten zur Verfügung. Außerdem unterstützen die Ansprechpartner der Geschäftsstelle die Arbeit der Organe und Gremien der Zuse-Gemeinschaft. Hier laufen alle Fäden zusammen.

Der Innovationsrat ist ein Arbeitsgremium der Mitgliederversammlung der Zuse-Gemeinschaft. Er berät und unterstützt die übrigen Organe der Zuse-Gemeinschaft. Außerdem kann er Empfehlungen aussprechen über Grundzüge der Wissenschafts-, Forschungs- und Innovationspolitik der Zuse-Gemeinschaft.