Das Institut für angewandte Photonik e. V. wurde im Jahre 1999 von Natur- und Technikwissenschaftlern, und zwei Unternehmen zur Förderung von Wissenschaft, Forschung und Bildung insbesondere auf dem Gebiet der Photonik gegründet.
Seit dem Jahr 2000 wurde eine Reihe von Forschungsarbeiten auf den Gebieten optische Berechnungen, Design und Technologieentwicklung zur Herstellung verschiedener Elemente aus mikro- und nanostrukturiertem Glas für die Anwendung von speziellen Röntgenkapillaroptiken in röntgenanalytischen Geräten in der Materialforschung durchgeführt. Hervorzuhebende Geräteentwicklungen sind ein RFA–Zusatz für Rasterelektronenmikroskope und ein Labor-EXAFS-Gerät. In den letzten Jahren wurden und werden eine Reihe von Projekten auf den Gebieten Recycling und Rohstoffaufbereitung durchgeführt, dazu gehört u.a. die
die Koordinierung des Verbundprojektes „Entwicklung einer Online-Prozessanalytik für die Rückgewinnung von Wertstoffen aus Klärschlammaschen“.
Im Jahre 2001 wurde durch das IAP die Fachtagungsreihe PRORA „Prozessnahe Röntgenanalytik“ ins Leben gerufen. Die Tagung findet seit dieser Zeit regelmäßig alle zwei Jahre statt und wird durch eine Geräteausstellung begleitet, auf der deutsche und auch verschiedene ausländische Gerätehersteller ihre neuesten Produkte zeigen. Die Etablierung dieser Fachtagung mit wachsenden Teilnehmerzahlen (163 bei der PRORA 2013) verdeutlicht die nationale und internationale Wertschätzung der Arbeiten des IAP.